Reconstruire le microbiome avec des espèces perdues – Avec du yaourt à base de L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis, B. clausii

Mis à jour le 31 août 2025

Recette : préparer soi-même un yaourt avec L. brevis, L. rhamnosus, B. subtilis et B. clausii

Convient aussi aux personnes intolérantes au lactose (voir remarques ci-dessous).

Ingrédients (pour environ 1 litre de yaourt)

• 2 capsules L. brevis (à 2 milliards UFC)

• 2 capsules L. rhamnosus (à 10 milliards UFC)

• 2 capsules B. subtilis (à 3 milliards UFC)

• 2 capsules B. clausii (à 4 milliards UFC)

• 1 c. à soupe d'inuline (alternativement : GOS ou XOS en cas d'intolérance au fructose)

• 1 litre de lait entier (bio), 3,8 % de matières grasses, ultra-haute température et homogénéisé ou lait UHT
  (Plus la teneur en matières grasses du lait est élevée, plus le yaourt est épais)

Remarque :

• 1 capsule L. reuteri, au moins 5 × 10⁹ (5 milliards) CFU (en)/UFC (de)
• CFU signifie colony forming units – en français unités formant colonie (UFC). Cette unité mesure le nombre de micro-organismes viables contenus dans une préparation.

Conseils pour le choix du lait et la température

• Ne pas utiliser de lait frais. Il n'est pas assez stable pour les longues périodes de fermentation et n'est pas stérile.
• Le lait UHT (lait longue conservation, ultra-haute température) est idéal : il est stérile et peut être utilisé directement.
• Le lait doit être à température ambiante. Sinon, le chauffer doucement au bain-marie à 38 °C (100 °F). Évitez des températures plus élevées : à partir d'environ 44 °C, les cultures probiotiques sont endommagées ou détruites.

Préparation

1. Ouvrir les 8 capsules au total et verser la poudre dans un petit bol.

2. Ajouter 1 c. à soupe d'inuline par litre de lait, cela sert de prébiotique et favorise la croissance des bactéries. Pour les personnes intolérantes au fructose, les GOS ou XOS sont des alternatives appropriées.

3. Mettre 2 c. à soupe de lait dans le bol et bien mélanger jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de grumeaux.

4. Incorporer le reste du lait et bien mélanger.

5. Verser le mélange dans un récipient adapté à la fermentation (par ex. un verre).

6. Placer dans la yaourtière et laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Préparations suivantes

À partir de la deuxième préparation, utiliser comme démarreur 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente. Cela s'applique même si le premier yaourt est encore liquide ou pas parfaitement ferme. Important : n'utiliser que s'il sent frais, a un goût légèrement acidulé doux et ne présente aucun signe de détérioration (pas de moisissure, pas de décoloration notable, pas d'odeur piquante).

Ingrédients par 1 litre de lait (préparation suivante) :

• 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente

• 1 c. à soupe d'inuline

• 1 litre de lait UHT ou de lait entier homogénéisé ultra-haute température

Voici comment faire :

1. Mettre 2 c. à soupe de yaourt de la fournée précédente dans un petit bol.

2. Ajouter 1 c. à soupe d'inuline et 2 c. à soupe de lait, mélanger jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de grumeaux.

3. Incorporer le reste du lait et bien mélanger.

4. Verser le mélange dans un verre et le placer dans la yaourtière.

5. Laisser fermenter à 38 °C (100 °F) pendant 36 heures.

Remarque importante

• L'inuline est la nourriture pour les cultures – ajouter 1 c. à soupe par litre de lait à chaque préparation.

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Pourquoi 36 heures ?

Le choix de cette durée de fermentation est scientifiquement fondé : L. brevis et L. rhamnosus ont un temps de doublement d'environ 2–3 heures, B. subtilis et B. clausii, en tant que bactéries sporulées, sont particulièrement robustes et peuvent aussi se multiplier en quelques heures. En 36 heures, de nombreux cycles de doublement ont lieu, permettant une forte concentration de germes probiotiques actifs dans le produit fini. La maturation plus longue stabilise aussi les acides lactiques, et les cultures deviennent particulièrement résistantes.

!Important à noter !

La première fournée échoue souvent chez de nombreux utilisateurs. Elle ne doit cependant pas être jetée. Il est conseillé de préparer une nouvelle fournée avec deux cuillères à soupe de la première. Si celle-ci échoue aussi, vérifiez la température de votre yaourtière. Sur les appareils où la température peut être réglée au degré près, la première préparation réussit généralement bien.

Conseils pour des résultats parfaits

• La première fournée est souvent un peu plus liquide ou granuleuse. Utilisez 2 c. à soupe de la fournée précédente comme starter pour la suivante – la consistance s'améliore à chaque nouvelle fournée.
• Plus de matières grasses = consistance plus épaisse : plus la teneur en matières grasses du lait est élevée, plus le yaourt sera crémeux.
• Le yaourt fini se conserve jusqu'à 9 jours au réfrigérateur.

Conseil de consommation :

Consomme environ une demi-tasse (env. 125 ml) de yaourt chaque jour – de préférence régulièrement, idéalement au petit-déjeuner ou en collation. Ainsi, les microbes contenus peuvent s'épanouir au mieux et soutenir durablement ton microbiome.

Redémarrer après 20 fermentations

Combien de fois peut-on réutiliser un starter de yaourt avant d'avoir besoin d'une nouvelle culture starter ? Le Dr William Davis recommande dans son livre Super Gut (2022) de ne pas reproduire un yaourt fermenté Reuteri plus de 20 générations (ou lots) consécutives. Mais ce chiffre est-il scientifiquement fondé ? Et pourquoi exactement 20, pas 10, pas 50 ?

Que se passe-t-il lors du réensemencement ?

Une fois que tu as fabriqué un yaourt, tu peux l'utiliser comme starter pour la prochaine fournée. Tu transfères ainsi des bactéries vivantes du produit fini dans un nouveau milieu nutritif (par ex. lait ou alternatives végétales). C'est écologique, cela économise des capsules et c'est souvent pratiqué.

Cependant, un problème biologique survient lors de réutilisations répétées :
Dérive microbienne.

Dérive microbienne – comment les cultures évoluent

À chaque passage, la composition et les propriétés d'une culture bactérienne peuvent changer progressivement. Les raisons en sont :

• Mutations spontanées lors de la division cellulaire (surtout en cas de fort renouvellement dans un environnement chaud)
• Sélection de certaines sous-populations (par ex. les plus rapides à croître supplantent les plus lentes)
• Contamination par des microbes indésirables de l'environnement (par ex. germes de l'air, microflore de cuisine)
• Adaptations liées aux nutriments (les bactéries "s'habituent" à certaines espèces de lait et modifient leur métabolisme)

Le résultat : après plusieurs générations, il n'est plus garanti que la même espèce bactérienne, ou au moins la même variante physiologiquement active, soit présente dans le yaourt comme au début.

Pourquoi le Dr Davis recommande 20 générations

Le Dr William Davis a initialement développé la méthode du yaourt pour ses lecteurs afin d'exploiter certains bienfaits pour la santé (par ex. libération d'oxytocine, meilleur sommeil, amélioration de la peau). Dans ce contexte, il écrit qu'une culture fonctionne de manière fiable "environ 20 générations" avant de devoir utiliser une nouvelle culture starter issue d'une capsule (Davis, 2022).

Cela ne repose pas sur des tests systématiques en laboratoire, mais sur l'expérience pratique de la fermentation et les rapports de sa communauté.

"Après environ 20 générations de réutilisation, votre yaourt peut perdre de sa puissance ou ne plus fermenter de manière fiable. À ce moment-là, utilisez à nouveau une capsule fraîche comme starter."
— Super Gut, Dr. William Davis, 2022

Il justifie ce nombre de manière pragmatique : après environ 20 remises en culture, le risque que des modifications indésirables apparaissent augmente, par exemple une consistance plus fluide, un arôme modifié ou une efficacité santé réduite.

Existe-t-il des études scientifiques à ce sujet ?

Il n'existe pas encore d'études scientifiques concrètes spécifiquement sur le yaourt sur 20 cycles de fermentation. Cependant, il y a des recherches sur la stabilité des bactéries lactiques sur plusieurs passages :

• En microbiologie alimentaire, il est généralement admis que des modifications génétiques peuvent apparaître après 5–30 générations, selon l'espèce, la température, le milieu et l'hygiène (Giraffa et al., 2008).
• Des études de fermentation avec Lactobacillus delbrueckii et Streptococcus thermophilus montrent qu'après environ 10–25 générations, une modification de la performance de fermentation (par ex. acidité moindre, arôme différent) peut survenir (O’Sullivan et al., 2002).
• Pour Lactobacillus reuteri en particulier, il est connu que ses propriétés probiotiques peuvent varier fortement selon le sous-type, l'isolat et les conditions environnementales (Walter et al., 2011).

Ces données suggèrent que 20 générations sont une valeur de référence conservatrice et raisonnable pour préserver l'intégrité de la culture – surtout si l'on veut conserver l'effet sur la santé (par ex. la production d'oxytocine).

Conclusion : 20 générations comme compromis pratique

Il n'est pas scientifiquement possible de dire avec précision si 20 est le "nombre magique". Mais :

• Jeter moins de 10 lots serait généralement inutile.
• Prélever plus de 30 lots augmente le risque de mutations ou de contamination.
• 20 lots correspondent à environ 5–10 mois d'utilisation (selon la consommation), une bonne période pour un nouveau départ.

Recommandation pour la pratique

Après au plus tard 20 lots de yaourt, une nouvelle approche avec une culture de départ fraîche en capsules doit être effectuée, surtout si tu souhaites utiliser le yaourt spécifiquement pour ton microbiome.

Bénéfice quotidien

Lactobacillus brevis

• Production de neurotransmetteurs : Produit de l'acide γ-aminobutyrique (GABA), un neurotransmetteur calmant important, associé à la réduction du stress et à une meilleure qualité de sommeil (Barrett et al. 2012).

• Santé intestinale : Inhibe la croissance des germes pathogènes et favorise un microbiome équilibré (Urbanska et al. 2009).

• Immunomodulation : Soutient la régulation des réactions inflammatoires dans l'intestin (Kim et al. 2019).

• Fermentation : Présent traditionnellement dans les aliments fermentés comme la choucroute ou le kimchi, où il contribue de manière significative à l'arôme.

Lactobacillus rhamnosus

• Polyvalent du microbiome : L'une des souches probiotiques les mieux étudiées avec des effets positifs variés (Segers & Lebeer 2014).

• Santé intestinale : Efficace contre la diarrhée, les symptômes du syndrome du côlon irritable et les troubles associés aux antibiotiques (Guandalini 2011).

• Renforcement immunitaire : Réduit le risque d'infections des voies respiratoires et renforce la défense de la muqueuse (Hatakka et al. 2001).

• Psychobiotique : Montre dans des études animales et humaines des effets anxiolytiques et antidépresseurs par l'influence du métabolisme du GABA dans le cerveau (Bravo et al. 2011).

Bacillus subtilis

• Formateur de spores : Résiste à l'acide gastrique et à la bile, atteint de manière fiable l'intestin (Hong et al. 2005).

• Système immunitaire : Stimule la production de substances antimicrobiennes et soutient la défense contre les agents pathogènes.

• Barrière intestinale : Favorise l'intégrité de la muqueuse et réduit le risque de « Leaky Gut » (Elshaghabee et al. 2017).

• Digestion : Produit des enzymes telles que les amylases et les protéases, qui facilitent la décomposition des glucides et des protéines.

• Usage traditionnel : Composant depuis des siècles des produits fermentés à base de soja (« Natto ») au Japon, considéré comme un type de probiotique sûr.

Bacillus clausii

• Formateur de spores : Extrêmement résistant à la chaleur, à l'acide gastrique et aux antibiotiques, donc très fiable pour la colonisation (Hoa et al. 2000).

• Thérapie adjuvante aux antibiotiques : Cliniquement testée pour la prévention et le traitement de la diarrhée associée aux antibiotiques (Mete et al. 2019).

• Immunomodulation : Favorise l'équilibre du système immunitaire, réduit les réactions allergiques et les inflammations chroniques (Negroni et al. 2014).

• Sécurité : Utilisé depuis des décennies en médecine et considéré comme sans danger, même pour les enfants.

Quellen

• Barrett E. et al. (2012). Appl Environ Microbiol.

• Urbanska AM. et al. (2009). Benef Microbes.

• Kim JY. et al. (2019). J Microbiol Biotechnol.

• Segers ME, Lebeer S. (2014). Microb Cell Fact.

• Guandalini S. (2011). J Clin Gastroenterol.

• Hatakka K. et al. (2001). BMJ.

• Bravo JA. et al. (2011). PNAS.

• Hong HA. et al. (2005). Trends Microbiol.

• Elshaghabee FMF. et al. (2017). Front Microbiol.

• Hoa NT. et al. (2000). Appl Environ Microbiol.

• Mete R. et al. (2019). Eur Rev Med Pharmacol Sci.

• Negroni A. et al. (2014). J Transl Med.